一個(gè)名為“阿卡姆”的民間組織受到遠(yuǎn)古文明留下的訊息啟發(fā)而成立。旨在保護(hù)及封印超古代文明的危險(xiǎn)遺跡。加入“阿卡姆”的特殊工作人員，人們稱之為SPRIGGAN。其中實(shí)力No.1的特工是一位叫作御神苗優(yōu)（森久保祥太郎 配音）的十七歲少年。在土耳其的一次調(diào)查工作中，“阿卡姆”竟無意地發(fā)現(xiàn)了諾亞方舟。方舟隱藏著毀天滅地的神秘力量，于是很多組織都開始窺伺這個(gè)傳說中的遠(yuǎn)古遺跡。美國派出了半機(jī)械改造人小隊(duì)與“阿卡姆”展開激烈的遺跡爭奪戰(zhàn)。而其中一個(gè)以神自稱的改造人少年竟想私自利用挪亞方舟引發(fā)第二次洪水滅世……御神苗優(yōu)是否能夠阻止這一瘋狂的計(jì)劃呢？世界將會(huì)走向滅亡嗎？