數(shù)年前，人類以超級(jí)戰(zhàn)艦“轟天號(hào)”，在南極擊潰“哥吉拉”，并且將“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外，還有許許多多的怪獸，對(duì)各大人類都市虎視眈眈。于是，人類成立了“地球防衛(wèi)部”，專門對(duì)付各種怪獸的入侵。而地球防衛(wèi)部最強(qiáng)大的成員，就是當(dāng)年封印哥吉拉的“轟天號(hào)”以及其艦長“道格拉斯·戈登上?！?。
　　此外，為了應(yīng)付怪獸對(duì)人類造成的困擾，地球防衛(wèi)部特別甄選了有特殊能力的人類，這些“超人類”擁有普通人類所沒有的“M染色體”，讓這些人類擁有比普通人更強(qiáng)大的體能跟敏捷性，以應(yīng)付怪獸的攻擊，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。
　　就在不久之前，人們挖到一個(gè)巨大怪物的遺骸，而且怪物擁有機(jī)械跟生物的本質(zhì)，懷疑能夠?qū)⑸锔鷻C(jī)械結(jié)合起來的怪物應(yīng)該來自于外太空。不久，尾崎真一收到來自嬰兒島“小美人”的警告，這個(gè)怪物是當(dāng)年被“魔斯拉”給封印的“蓋剛”，蓋剛的出現(xiàn)代表著人類的危機(jī)。
　　就在蓋剛出土不久，世界各地突然在同一時(shí)間，遭受到了各大怪物的攻擊，一時(shí)之間讓地球防衛(wèi)部忙的焦頭爛額。但是突然出現(xiàn)的神秘飛行器，卻將這些怪物全部都帶走。這些自稱“X星人”的外星來訪客，聲明自己是人類的朋友，要跟人類建立起同盟關(guān)系，更聲稱有一個(gè)巨大的星球即將撞上地球。但是在尾崎真一還有道格拉斯等人的調(diào)查之下，發(fā)現(xiàn)根本就沒有神秘星球要撞擊地球。而那些怪獸根本就是外星人侵略地球所釋放的，X星人根本是要把人類當(dāng)作糧食來利用。
　　雖然外星人的真面目被揭穿，但是外星人擁有不可思議的超能力，還有手下聽命于外星人的巨大怪物。地球防衛(wèi)軍最后被殲滅，只剩下轟天號(hào)還茍延殘喘著。此時(shí)，道格拉斯想出一個(gè)大膽的計(jì)策，就是解開南極哥吉拉的封印，讓代表地球最強(qiáng)大怪物的哥吉拉，去面對(duì)這些外星來的侵略者....