E.U.聯(lián)盟和布里塔利亞帝國(guó)曠日持久的戰(zhàn)爭(zhēng)在皇歷2010年發(fā)生轉(zhuǎn)機(jī)，帝國(guó)派出壓倒性的兵力突襲遠(yuǎn)東日。在很短的時(shí)間內(nèi)，日本這個(gè)國(guó)家不復(fù)存在，從此作為“11區(qū)”寫入歷史。舊日本人民流往世界各地，飽受歧視，心中滿是憤懣和不甘。2017年，E.U.聯(lián)軍132部隊(duì)向圣彼得堡挺進(jìn)，但遭到帝國(guó)軍隊(duì)的圍困，面臨全軍覆沒(méi)的危險(xiǎn)。聯(lián)軍少校蕾拉·瑪露卡爾（坂本真綾 配音）將舊日本青年組成非正規(guī)軍W Zero部隊(duì)，并提出以這支部隊(duì)營(yíng)救132部隊(duì)的建議。但是在最為兇險(xiǎn)的前線，他們不過(guò)肩負(fù)著犧牲自己來(lái)營(yíng)救友軍的悲哀命運(yùn)。慘烈的對(duì)決過(guò)后，W Zero部隊(duì)的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任務(wù)。
　　而戰(zhàn)爭(zhēng)還遠(yuǎn)遠(yuǎn)未曾結(jié)束，新的陰謀與危機(jī)浮出水面……